Makaki prowadzą dzienny tryb życia, w nocy zaś śpią na gałęziach drzew. W okresach spadku temperatury zbijają się w ciasne grupki i wygrzewają w słońcu na południowych stokach gór. Małpy te doskonale pływają, lubią też kąpiele w gorących źródłach, zwłaszcza zimą
Latem makaki japońskie żywią się głównie owadami. Zimą, kiedy pożywienie staje się niedostępne, są w stanie znacząco zmienić swoje zachowania i dietę, aby przetrwać.
makaki japońskie chętnie żywią się między innymi pstrągiem, owadami rzecznymi i ich larwami oraz różnymi mięczakami.
